改革开放后，九十年代以来，一批又一批闽北儿女纷纷闯荡上海滩，历经艰苦拼搏，从最低层做起，许多乡亲经过数年的努力，企业不断发展壮大，培育出一批在上海有一定影响力的企业。应在沪南平籍企业、个体经营者呼吁要求，福建省南平总商会上海商会，于1998年12月14日，经南平市政府同意,南平市工商联、南平总商会批准在沪成立,十九年来,在南平市委、人大、政府、政协及省沪办、省商会及有关部门的关怀和市工商联的指导下，不断发展壮大,2010年12月12日福建省南平总商会上海商会完成了第三次换届选举工作,由最初成立时,会员不满百人,发展到拥有本级会员380多人。到2012年闽北在沪十个县（市、区）全部成立有商会,还先后成立了上海闽北木（竹）业商会、上海金山南平建材商会、上海闽北茶业商会等三个行业商会，共有团体会员4100多人,闽北在沪乡亲也由九十年代不到万人发展到2012年近30万人，曾拥有中、小私营企业6000多家。曾是福建在沪最建全的一个地市级商会。
福建省南平总商会上海商会成立以来，在南平市政府、市工商联、省沪办、上海福建商会之间，发挥着桥梁扭带作用；在引导会员企业发展、推进回归工程、抗震救灾、抗洪救灾、兴师助教及其公益事业中，都发挥了积极的作用。
南平市人民政府驻沪办于一九九五年撤销后，市政府及有关部门在沪开展招商引资，项目推介活动，大多由上海市南平商会协助承办。



多年来，闽北在沪民营企业在商会的引导下，不断得到发展，尤其是建材、五金行业曾占据上海很大的市场，原闵行九星建材市场为全国十大明星建材市场、原松江砖桥农贸批发市场为上海松江区笫一大农贸市场，闽北人在上海曾有过辉煌昨天。
但是，自2012年以来，企业、个人发展因受贷款担保、连保的影响，加上国家经济增速减缓，银行对闽商信贷从严把控，不少企业因资金短缺，发展受到影响；16年以来上海市开展的综合整治、三违折迁、公寓房整治，又一批闽商和传统行业受到影响。近年来，许多企业已逐步从单一的钢贸、建材行业中，不断向新能源、光电、物业、保险、基金、股权投资、资产管理、影视文化、酒店旅馆业、码头、轻纺、医药、物流、旅游、食品、文化、电子商务、贸易等多种行业拓展。
在经济新常态下，闽北在沪的一批老项目，如会员企业群大家居建材市场、好百年建材市场继续发挥作用外，又有一批新企业在发展。如会员企业中运富通控股投资集团，在国家十三五规划大力推进经济转型的大背景下，由多家大型国营及民营企业集团联合组建而成。截止2016年6月，控股子公司40多家，致力于发展新能源、新金融、新科技、新文化产业。集团目前业务涵盖新能源、物业运营、保险、基金、股权投资、资产管理、影视文化、电子商务、大数据、芯片研发、农业开发等。会员企业上海路东光电股份有限公司是一家致力于LED显示屏产品的研发、制造、销售、安装调试、服务于一体的高新技术企业，以华东为中心，向全国各地辐射发展。闽北在沪的酒店（旅馆）业在短短几年中，已发展到120多家，其中上四星级的维也纳国际酒店、希尔顿酒店等就有8家。电子商务等新兴产业也不断得到发展壮大。
根据上海市民政局、上海市社会团体管理局、上海市人民政府合作交流办公室关于《上海市异地商会登记管理办法》的通知要求，17年3月27日南平市人民政府向上海市民政局致书面函，以南政函（2017）15号，南平市人民政府关于同意上海市南平商会使用“南平”地域名的函文。经上海市人民政府合作交流办批准，上海市民政局、上海市社团局审批，2017年12月17日上海市南平商会笫一届第一次会员大会暨理事会、监事会就职仪式在上海闵行区宝龙艾美大酒店隆重举行。2018年1月18日上海市民政局、上海市社团局正式为上海市南平商会颁发了《社会团体法人登记证书》。从此，上海市南平商会被正式确认为依法成立，具有社团法人资格的社团组织。商会在组织机构和管理上有所改变，但商会的宗旨、任务、社会责任是不变的，商会要将聚乡亲、叙乡情、共享资源、共谋发展和感恩、诚信、共赢的精神继续传承、发扬、光大。
上海市南平商会的成立，标志着南平在沪会员企业乡亲“不忘初心，继续前行”的决心。我们将在上海市民政社团局、上海市人民政府合作交流办、福建省政府驻沪办、上海市福建商会、南平市委、市政府、南平市工商联的关爱和支持下，在兄弟商会的通力协作下，秉承本会宗旨，依靠理事会的力量，发挥全体会员的共同智慧，扎实有效的开展各项工作。为上海的经济繁荣、为南平的经济腾飞，为贯彻十九大精神，共筑南平梦做出我们的贡献！